Sekarang setelah memiliki Edens Zero, Shiki Granbell telah mengumpulkan Empat Bintang Bersinar. Dengan bantuan teman-teman barunya, Shiki akan mampu menembus Dragonfall—perbatasan Sakura Cosmos yang dipenuhi naga mekanik. Setelah itu tercapai, ia dapat melanjutkan pencariannya untuk menemukan Dewi Ibu.
Sebelum kru Edens Zero dapat melanjutkan perjalanan mereka, mereka melihat sebuah kapal perang misterius mengikuti mereka. Setelah mengetahui bahwa kapal tersebut—Belial Gore—milik Drakken Joe, Shiki dan krunya mencoba menyusup ke dalamnya, berniat mencari tahu mengapa sang Alkemis Kegelapan mengejar mereka. Dalam prosesnya, Edens Zero disandera oleh bawahan Drakken.
Meskipun mereka berada dalam situasi yang sulit, Shiki menolak untuk mundur. Bekerja sama dengan teman-temannya, Shiki harus mengalahkan sang Alkemis Kegelapan jika ia berharap dapat keluar dari Belial Gore hidup-hidup.
[Written by MAL Rewrite]
