Shinji Ikari mengalami koma emosional setelah kematian seorang sahabat karibnya. Karena putranya tidak mampu mengendalikan robot humanoid Evangelion Unit-01, NERV milik Gendou Ikari berlomba melawan organisasi bayangan SEELE untuk melihat siapa yang dapat melaksanakan rencana pamungkas mereka terlebih dahulu. SEELE ingin menciptakan makhluk seperti dewa dengan menggabungkan jiwa mereka sendiri ke dalam unit Evangelion, sementara Gendou ingin mengembalikan seluruh umat manusia menjadi satu makhluk purba sehingga ia dapat bersatu kembali dengan Yui, mendiang istrinya.
SEELE mengerahkan pasukan militernya dalam invasi mematikan ke markas besar NERV. Saat pasukan SEELE membantai para ilmuwan dan personel keamanan NERV, Asuka Langley Souryuu mengemudikan Evangelion Unit-02 dalam perlawanan terakhir yang putus asa melawan persenjataan terberat milik SEELE.
Pertempuran terus berlangsung, dan Shinji yang tertekan bersembunyi jauh di dalam markas besar NERV. Dengan nasib dunia berada di tangan Shinji, Kapten Misato Katsuragi memburu remaja laki-laki itu saat masyarakat di sekitar mereka runtuh.
[Written by MAL Rewrite]
